Los Reyes Católicos se sienten muy entusiasmados con los resultados del primer viaje de Colón, y lo autorizan para preparar una nueva expedición y emprender el segundo viaje.
La nueva expedición parte de Cádiz el día 25 de septiembre de 1493. La flota está compuesta de 17 embarcaciones y 1500 hombres. La primera islita que descubren en este viaje pertenece a las Antillas Menores y le ponen el nombre de Dominica. Pasan a otras pequeñas islas del mismo grupo y finalmente a una isla mayor que los naturales llaman Boriquén o Borinquen; la descubren el 19 de noviembre de 1493. Esta isla es la nuestra, es Puerto Rico, a la que Colón pone por nombre San Juan Bautista.
De San Juan Bautista parten los exploradores rumbo a La Española, de allí a Cuba y más tarde, desviándose hacia el sur, descubren la isla de Jamaica. Esta vez parte de Sanlúcar de Barrameda y va a tocar las costas de la América del Sur. Cuando vuelve a La Española encuentra discrepancias entre los hombres que han quedado al mando de don Diego de Arana. Se han producido muchas quejas y hasta un motín que decide al rey a mandar a Francisco de Bobadilla para que realice una investigación; Bobadilla no es un juez imparcial y envía a Colón para España en calidad de prisionero.
Descubrimiento y organización colonial :
Las naves de Cristóbal Colón, en su segundo viaje a América, entraron el 19 de noviembre de 1493 en Puerto Rico. Colón tomó posesión de la isla y la bautizó con el nombre de San Juan Bautista. En 1505, la colonización de la isla fue acometida por Juan Ponce de León.Ponce de León consiguió permiso para explorarla e inició dicha colonización en 1508, fondeando en un buen puerto natural al que denominó Puerto Rico. El nombre de San Juan, como fue bautizado por Colón, pasó a designar con el tiempo el lugar donde había desembarcado Ponce de León. Con el tiempo la denominación se aplicó a la totalidad de la isla.En 1509 se fundó la Villa de Caparra, en las proximidades de las hoy ciudades de Bayamón y Guaynabo, y la villa de Sotomayor, en el litoral occidental. En 1510, Cristóbal de Sotomayor, compañero de Ponce de León, fundó Tavara, aldea abandonada poco después a causa de los mosquitos, y un año después estableció el poblado que lleva su apellido, en el lugar donde hoy se asienta la población de Aguada.
En 1512 se fundó en la desembocadura del río Grande de Añasco la población de San Germán, que, debido al ataque de los indios caribes, se trasladó en 1574 a las Lomas de Santa Marta. Los indios, al principio, no ofrecieron gran resistencia al proceso de conquista, ya que tomaron a los conquistadores por dioses que cumplían su promesa de regresar.Un cacique indio llamado Urayoán creó las condiciones de una rebelión y comenzó a desvanecer la superstición de su pueblo: la leyenda cuenta como Diego de Salcedo, sumergido en el agua por los indígenas, se ahogó. Fue llevado a la aldea y observado por los taínos para ver si volvía a la vida... la ley de los dioses quedó rota al comprobar cómo el conquistador no resucitaba.
La inmediata rebelión indígena, que fue aplastada tras cuatro años de lucha, finalizó con la derrota de las huestes de Agueybana, el último cacique isleño. La resistencia continuaría en el interior montañoso, aunque, debido a la represión de la rebelión, se aceleró el despoblamiento indígena de Borinquén, ya que muchos taínos se refugiaron en las islas situadas al Este de la principal. En 1511, Ponce de León se vio obligado a entregar sus poderes, al ser entronizado Diego Colón en el gobierno de las Antillas. A partir de esta fecha, la isla estuvo regida por tenientes gobernadores enviados desde La Española. En cada una de las incipientes villas la vida municipal era regida por un cabildo, del que dependían diversas aldeas y caseríos.
En 1514 se repartieron 14.600 indios entre los conquistadores, que los dedicaron principalmente a la minería. La economía se estructuró sobre la base de la producción aurífera y del cultivo agrícola (yuca, caña de azúcar).En 1519 se hacía el primer repartimiento de indios. La población indígena mermó considerablemente debido a las nuevas enfermedades (sarampión, viruela, gripe) traídas por los europeos, a las guerras, al duro trabajo (sobre todo minero), a la emigración y al mestizaje. La mortandad de los indígenas trajo consigo la importación de esclavos negros procedentes del golfo de Guinea, en África, que comenzaron a llegar a partir de 1518.
